於2006年6月審議的兩鐵合併條例草案，加入「服務經營權協議」，將九廣鐵路的經營權授予地下鐵路，並將地鐵改名為「香港鐵路有限公司」，現有的《地下鐵路條例》亦會易名為《香港鐵路條例》。為反映地鐵在合併後的擴展，地鐵改名為「香港鐵路有限公司」，簡稱「港鐵公司」，英文名字「Mass Transit Railway」則不變。至於九鐵，將成為一家「僱有非常少數員工的法定公司」，大部分日常工作如會計、稽核、法律顧問及公司秘書等，亦會外判處理。
